三清山位于长江流域中游鄱阳湖水系信江流域和钱塘江的源头。公园南部水系主要汇入信江与乐安江后注入鄱阳湖，公园北部水系汇入钱塘江后注入东海。地表水以沟谷溪流水网为主，雨水是地表水主要来源。园区地表水资源的季节性变化明显，雨季水源丰沛，旱季水源不足。由于园区基岩裂缝多、透水性强，天降雨水部分直接渗入裂缝中，成为地下水（构造裂缝水）。凡裂缝发育的岩石中，含水量都比较丰富，为滋润遍布全山的植被，提供了良好的条件。在地形比较低凹，缓行山坡处，岩石风化碎屑和粘土物质呈片状分布，多为孔隙渗透水。