三清山由于地球内外地质营力的长期作用，山势东、南、西三面陡峻，北部和南部相对平缓。在中心区域，从山脚至山顶，水平距离5千米，海拔由200多米陡增至1800多米，地势高差较大。主要地貌类型有10种。其中：成因类型有构造侵蚀型、构造剥蚀型、流水侵蚀剥蚀型、流水堆积型、重力崩塌堆积型等5种；形态类型有中山、低山、丘陵、山间盆地、河谷小平地等5种；公园是一处以大型花岗岩基为中心的山地区域，花岗岩体中的微地貌十分发育，形态类型多样，有峰峦、峰墙、峰丛、峰林、石林、峰柱、石锥、崖壁、峡谷、造型石景、岩洞（穴）等11种类型，是世界花岗岩中罕见的微地貌奇观，也是研究和展示花岗岩微地貌景观及其形成演化过程的典型例证，具有突出的科学价值。以下简介几种宏观性地貌。

侵蚀构造陡峻中山地貌

以玉京峰为中心，海拔＞1000米，1000米以上的山峰占到公园总面积的1/3，切割深度数百米至千余米。岩石主要为燕山期中细至中粗粒黑云母花岗岩。山坡均为侵蚀坡，冲沟发育，山脊呈锥齿状。从整体看，东坡从金沙至玉京峰，西坡从横坦、汾水至玉京峰，恰为两个相靠的凹球面，它们与南部的凸球面合成高耸入云、层峦叠峰的奇特地貌。山坡坡度平均大于45°，东坡比西坡平缓，南坡又比西坡平缓。山体因受地壳抬升、重力崩解和流水影响，遭受强烈切割，沟谷切割密度为2~4千米。横坦地段切割最剧烈，约4.75千米/平方千米。最平缓的三清福地地段，其切割密度为0.55千米/平方千米。根据中山区形态特征，可分为石柱型(三清山花岗岩区)、石壁型(玉京峰、云盖峰周边)、峰林型(玉京峰、南清园)。

侵蚀构造低山地貌

海拔500~＜1000米，切割深度100~500米，属浅切割。坡度一般大于45°，V型谷，谷底坡度2°~5°。在三清山东北部、西部面积最大。岩石多由古生代寒武、奥陶系组成，如东北部的石鼓岭头和南部坪溪、八仙洞一带，可见灰岩呈夹层和透镜状，溶蚀不强烈，未构成溶蚀地貌。汾水关以东、玉京峰西坡，为另一夷平面，海拔约700~800米，坡陡，沟谷纵横如迷宫，沟谷与断层交叉处，飞瀑悬空，如烟似雾，蒸腾迷漫。西北坡的扬清瀑布，高约10米，宽约15米，瀑布沿断层面NW290°直角80°直泻而下。上部为震旦系热变质角岩，下部为花岗岩体。
构造剥蚀丘陵地貌
　　地质公园的边部地段，如北部的汾水以下、南部的枫林以下等地段，海拔一般低于500米，只有少数山峰超过500米，切割深度100~200米左右，坡度较缓，沟谷短浅，呈V形，山脊东西走向，形态浑圆。

流水侵蚀剥蚀堆积地貌

由于第四系洪冲积卵石堆积，在上汾水、北方塘、双溪与枫林、紫湖、童坊至后叶一带，均见有此种地形。同时出现两处典型的山间洼地，一处为海拔低于450米，在洼地处，屡见砾径10~15米的大砾石，最大的砾径达30米，磨圆度较好；另一处是三清福地洼地，海拔1450米，洼地面积达百亩，是难得的一处山顶小盆地。同时，公园内还发育有3条山间河流地貌，即金沙河、玉琊河、汾水河的中上游源区，部分地段为景观河段和适宜漂流的河段。

构造剥蚀丘陵地貌
       地质公园的边部地段，如北部的汾水以下、南部的枫林以下等地段，海拔一般低于500米，只有少数山峰超过500米，切割深度100~200米左右，坡度较缓，沟谷短浅，呈V形，山脊东西走向，形态浑圆。 

山间盆地

在地质公园怀玉山景区的中心地带，四周为千米以上高山，其间为盆形洼地，平均海拔900余米，面积6.5平方千米，经中科院地理与旅游专家论证，怀玉山盆地是华东地区最大的高山盆地，也是华东地区海拔最高、容量最大、气候最凉爽的高山避暑旅游胜地。遗存有丰富的文化遗产资源，目前已成为全国青少年教育基地。