三清山及其周边地区，从中一新元古代开始有岩浆活动，以中生代燕山期岩浆活动最为频繁和强烈，花岗岩呈“两带三型”特点，形成一个具有典型意义的花岗岩田。

中一新元古代M 型大洋斜长花岗岩，混杂分布在三清山北部的西湾变质橄榄岩中，据舒良树等的研究(1995)，是蛇绿岩套中的基性组分分异产物。在西湾变质橄榄岩与千枚岩之间的断层接触带上，见有高压变质的蓝闪石片岩。

燕山期花岗岩具“两带三型”特点。

“两带”：即北带铜厂一银山构造岩浆带，为中晚侏罗世中酸性浅成斑岩一潜火山岩带，这类岩体呈小岩株、岩瘤产出，地貌以负地形为特征；南带为怀玉山一灵山构造岩浆带，展布于怀玉山区及其南东侧，为白垩纪花岗岩带，主要由灵山、怀玉山两个岩基组成，据地球物理资料，二者深部相连。形成怀玉山脉，是重要的成景岩石。

“三型”：指三清山地区出露有三种不同成因类型的花岗岩，即“I型”、“S型”、“A型”。时代由早至晚，成因类型由I型一S—A型，岩石成分总体向超酸偏碱性方向演化。

铜厂一银山构造岩浆带，由富家坞、铜厂、朱砂红浅成花岗闪长斑岩株和银山潜火山隐爆英安玢岩体组成，据邵克忠(1957)、朱训(1989)等研究，为I型花岗岩，属中酸性岩组合(SiO2 60%~66% )，是深源的壳幔混熔岩浆岩，Rb-Sr等时线同位素年龄值为170～160Ma，为中晚侏罗世造山早期的产物。

怀玉山一灵山构造岩浆带，出露有两种成因类型花岗岩，灵山杂岩体呈北西向卵圆形产出，其中部的望仙岩体属S型环斑花岗岩，岩性为聚斑环斑角闪黑云母二长花岗岩，含大量喷射岩浆混合形成的微晶闪长岩包体，是晚期造山环境中沿北东与北西的断裂结点局部拉张就位的，望仙岩体K—Ar法同位素年龄值为140Ma，时代属于晚侏罗世晚期至早白垩世早期；早白垩世晚期灵山岩体属晶洞花岗岩，岩性为角闪黑云母碱长花岗岩或黑云母碱长花岗岩，发育晶洞构造，岩石向富钠（Na2O  3.7 %）方向演化，姜耀辉(1999)等人研究结果认为属“A ”型花岗岩。形成于造山后期的伸展拉张环境，是沿早期形成的望仙岩体残留管道被动就位的，灵山岩体K—Ar法同位素年龄值为115．6Ma。居于圆形杂岩体内环的望仙岩体地形平缓，产于外环的灵山岩体形成峰林景观。怀玉山花岗杂岩基，出露于三清山、怀玉山至大茅山一带，总体属于“A”型花岗岩类，是由多次岩浆侵入形成的花岗杂岩体，其主体侵入期K—Ar法同位素年龄值为l15Ma、补充期K—Ar法同位素年龄值为96．6～87．4Ma，属于区域内最晚的侵入花岗岩岩体，三清山花岗岩属于怀玉山花岗岩岩基的组成部分，位处怀玉山岩基的东段。