2005年9月，三清山地质公园被国土资源部批准为国家地质公园，同年，三清山管委会正式启动了三清山世界地质公园申报工作。

2007年3月3日，三清山国家地质公园正式揭碑开园。

2008年7月8日，在加拿大魁北克召开的第32届世界遗产大会上，三清山顺利通过被列入《世界遗产名录》，正式成为中国第七个、江西第一个世界自然遗产地。

2010年1月，在北京召开的第四批世界地质公园申报单位推荐大会上，三清山被列为中国2012年度世界地质公园申报单位。

2011年8月，三清山完成申报世界地质公园全套文本的编制，经江西省人民政府签署意见后，报送国土资源部审查。

2011年10月，三清山党委、管委会成立申报世界地质公园迎检工作领导小组，全面启动申报迎检工作。

2011年11月30日，三清山申报世界地质公园迎检整治工作动员大会召开，并下发了《三清山申报世界地质公园迎检环境整治工作方案》。

2011年12月，国土资源部将三清山申报世界地质公园文本材料正式报送给联合国教科文组织审查。

2012年9月21日，在葡萄牙阿洛卡举行的第11届世界地质公园大会上，三清山被正式列入世界地质公园名录。

2012年9月，三清山与希腊莱斯沃斯石化森林世界地质公园缔结为姊妹公园；

2013年5月，三清山与中国庐山世界地质公园缔结为姊妹公园；

2014年3月，三清山与中国张家界世界地质公园缔结为姊妹公园；

2015年4月，三清山与西班牙维约尔卡斯-伊博尔-哈拉世界地质公园缔结为姊妹公园；

2015年8月，三清山与加拿大石锤世界地质公园缔结为姊妹公园；

2015年10月，三清山与中国织金洞世界地质公园缔结为姊妹公园；

2016年3月，三清山与中国龙虎山世界地质公园缔结为姊妹公园。

2016年8月2日-4日，联合国教科文组织委派挪威专家克里斯丁·朗格尼斯和希腊专家伊利亚斯·瓦利亚科斯对三清山开展四年一轮的世界地质公园再评估工作。

2017年9月，三清山向联合国教科文组织提交了扩园申请书，把三清山世界地质公园的面积扩大到433km2。

2018年7月10日-13日，联合国教科文组织评估专家凯瑟琳娜·波斯蒂默斯和哈特穆特·艾舍尔对三清山世界地质公园进行扩园评估考察。

2018年8月，三清山与中国天柱山世界地质公园缔结为姊妹公园；

2019年3月，三清山与中国雁荡山世界地质公园缔结为姊妹公园。

2019年4月17日，联合国教科文组织执行局会议批准三清山联合国教科文组织世界地质公园扩园申请。

2020年10月，三清山与中国乐业-凤山世界地质公园缔结为姊妹公园；

2021年4月，三清山与中国大理苍山世界地质公园缔结为姊妹公园。