三清山地质公园具有突出的地质遗迹多样性与地球遗产的独特性价值。从美学和科学角度看，具有突出、普遍价值的地质和生物结构或这类结构群组成的自然面貌；从科学或保护的角度看，具有突出或普遍价值的地质或自然地理结构以及明确划定的濒危动植物种群生态区；从科学、保护或美学角度看，具有突出或普遍价值的自然景观或明确划定的自然地带。
        三清山地质公园的地质遗迹，构成了代表地球演化史中重要阶段的突出例证，代表了进行中的重要地质过程、地貌过程、生物演化过程以及人与自然和谐发展的突出例证，包含有独特稀有或奇妙的自然现象、地貌或具有罕见自然美的景观地带，并保存有珍稀或濒危动植物种群的栖息地。
这些突出价值的地质遗产，使公园成为了在科学、教育、美学等方面的世界上不可替代的价值，也使公园成为地球科学研究、自然探索和科普教育的一个极好的科学园地。
        三清山地区地处扬子板块和华夏板块的接合带，底层发育齐全，自中原古代至第四纪地层均有出露，完整的记录了该地区10亿年地质演化历史和重要的地质事件。通过开展三清山地区沉积地层的研究，对解决扬子板块与华夏板块接合带的形成演化历史具有重要的科学意义，也是当前中国地质学界研究的热点之一。
三清山地区自寒武纪以来，各时代地层古生物化石丰富，演化序列清楚。噪声带主要为三叶虫、笔石、腕足；晚古生代主要为娗科、玩足、珊瑚、植物；中生代主要为双壳、植物、叶肢介和恐龙化石。晚白垩世的三清山地区，是恐龙的世界，在三清山南侧的信江盆地，遗存有大量恐龙蛋及少量恐龙骨骼化石。这些对于研究华南地区的生物演化、古地理环境变迁、古气候和古生态变化都有重要意义。
        三清山地质公园不仅具有10亿年的自然演化发展历史，还是一个人与自然和谐相处两千年的典型范例。历史悠久的三清山，早在三国时期就为葛仙修道之所，古往今来是中国导学喝儒学人士的比访之地，并在三清山地质公园主园区内遗存有宫、观、府、殿、亭、台、坊、塔、桥、池、泉、井以及山门、华表、石造像、石香炉、石刻楹联、摩崖石刻等230多处（座）。这些人文经管种类繁多、错落有致地分布在北山上，与自然美景交融，比较齐全、系统地体现了中国道教的理念和信仰，并按照道教太极八卦图的模式，构成一个有机的总体，即以三清宫为一个中心，前后二殿象征阴阳二级。这样构思奇妙的建筑格局，是罕见的，三清山也因此被人们称为“露天道教博物馆”。道教文化的精髓体现在中国道教“天人合一”的文化理念喝人与自然和谐共处的古朴环境意识喝思想哲理，也体现在古建筑体系按照自然环境条件布局的建筑规划设计思想方面。这些是中国古代江南灿烂文明的一个缩影，也是中国名族文化宝库的重要组成部分。
        通过对地质遗迹和人文景观和文化遗产的保护，使一个具有两千年人与自然共同发展历史的传统和谐文化子啊地质公园得到传承。